Từ năm 2010, Bệnh viện 354 được Bộ Quốc phòng phê duyệt, cho triển khai hai dự án: Đầu tư xây dựng bệnh viện giai đoạn 1 (2010-2014) và đầu tư chiều sâu khu điều trị trung tâm; dự kiến đến 2015 cả hai dự án sẽ kết thúc và tiếp tục triển khai giai đoạn 2. Ban giám đốc Bệnh viện đề nghị trên bổ sung chỉ tiêu vốn cho thực hiện dự án và đề nghị nâng hạng bệnh viện lên loại 1, quy mô 350 giường bệnh.
Tại buổi làm việc với Bộ Trưởng Phùng Quang Thanh ngày 23/7, đại diện các cơ quan chức năng Bộ Quốc phòng cơ bản nhất trí với các đề xuất của bệnh viện 354 về tiếp tục thực hiện các dự án đầu tư và nâng số giường bệnh, nâng hạng bệnh viện.
Bộ trưởng Phùng Quang Thanh đánh giá cao những nỗ lực, thành tích của bệnh viện 354 thời gian qua, ghi nhận các đề xuất của bệnh viện, giao các cơ quan chức năng nghiên cứu đề xuất; đồng thời gợi mở một số nội dung về mô hình xây dựng bệnh viện quân đội trong thời bình về quy mô, tổ chức biên chế, đầu tư cơ sở vật chất, trang thiết bị y tế, cơ chế hoạt động…
Trong năm nay dự án sẽ hoàn thành và hiện tại đang bước đầu khởi động dự án mua sắm, thi công lắp đặt hệ thống phần mềm HIS -PACS. Đây là dự án lớn và phát triển đồng bộ hệ thống phần mềm quản lý bệnh viện quân y 354 để đáp ứng yêu cầu khám chữa bệnh ngày càng cao của bộ đội, nhân dân tại Hà Nội và các vùng lân cận.